Boas praticas - Estrutura nos projectos?

Websites

Pelo que tenho pesquisado muitos fazem assim (pastas):
-css
-img
-js
-xml
-inc

-index.php

ja outros fazem assim
-resources
----------|----IMG
----------|----AUDIO
----------|----SWF
-JS
-CSS
-XML
-INC
index.php


como é a vossa estrutura?